1963年9月，吉林省武警总队医院开始组建，原为中国人民解放军第63野战医院，始建于黑龙江省汤源县，是一所集医教研为一体的部队卫勤保障综合性医院。自建立伊始，吉林省武警总队医院便担负着全省武警部队官兵的医疗救治、卫勤保障及为民服务任务。

1982年9月改编为武警吉林省总队医院；1988年9月由吉林省双辽县迁入长春市农安南街766号；1997年被总部评为先进医院。十多年来，我院有70余项科研分别获武警部队及省、市科技进步二、三等奖，先后开展新项目近100余项。

2003年被总部评为抗击非典先进集体；2004年医院建成并开通了“军字1号”工程，使医院步入了信息化轨道；2005年被吉林省消费者协会评为“诚信单位”，连续18年被长春市评为优质服务先进单位。

2009年4月，武警吉林省总队医院正式成为中国肝病生物免疫治疗中心临床研究基地，并被指定为乙肝前沿治疗方法“抗HBV-DC生物免疫疗法”东北地区唯一授权机构。2009年12月，国际合作肝病科研临床基地正式入驻武警吉林省总队医院。

2011年7月26日，由中国肝炎防治基金会授权的“全国肝病患者教育基地”正式入驻武警吉林省总队医院。同日由中国肝炎防治基金会、中国医学会吉林省分会、吉林省卫生厅主办，武警吉林省总队医院承办的世界肝炎日百日行活动正式启动。